Un chiffre suffit à faire grincer des dents : 1 400 000 jours d’arrêt maladie déclarés l’an dernier rien que dans la fonction publique d’État. Derrière cette statistique, un changement discret, mais lourd de conséquences, bouscule le quotidien de milliers d’agents en 2025. Les règles du jeu autour de la journée de carence se resserrent, et la fiche de paie n’en sortira pas indemne.
Comprendre le jour de carence dans la fonction publique : origine et fonctionnement
Le principe de journée de carence a fait irruption dans le paysage de la fonction publique en 2012, provoquant d’emblée remous et débats. Un aller-retour législatif s’en est suivi : abandon en 2014, puis retour en force quatre ans plus tard. Fini le temps où chaque agent malade pouvait compter sur une paie intacte dès le premier jour d’absence. Avec cette mesure, directement inspirée du privé, le gouvernement entend responsabiliser le recours à l’arrêt maladie.
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En pratique, la journée de carence se traduit par une absence d’indemnisation lors du premier jour d’un congé maladie ordinaire (CMO). Le salaire indiciaire, les primes, le supplément familial : tout est mis en pause pour vingt-quatre heures. Cette règle s’applique à l’ensemble des fonctionnaires, qu’ils relèvent de l’État, des collectivités territoriales ou des hôpitaux, mais aussi aux contractuels sous droit public.
Des exceptions subsistent cependant. Les agents victimes d’un accident de service, d’une maladie professionnelle ou en congé maternité échappent à cette retenue. Le code général de la fonction publique (article L. 822-3) en trace les contours. Côté syndicats, la mesure est vécue comme un coup de rabot sur le pouvoir d’achat ; les employeurs publics, eux, y voient un outil pour freiner l’absentéisme et aligner le régime public sur celui du privé.
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Quels changements pour l’indemnisation des arrêts maladie en 2025 ?
À l’horizon 2025, l’indemnisation des arrêts maladie connaît un nouveau virage. Le projet de loi de finances promet d’élargir le champ d’application du jour de carence, mais surtout d’en repenser le mode de calcul. Les agents publics touchés par un arrêt maladie ordinaire continueront de subir la retenue du premier jour, mais la suite pourrait bien changer la donne, notamment en rapprochant les règles de celles du secteur privé.
Un point clé se joue sur la manière de calculer le salaire maintenu et les indemnités en cas d’arrêt. Jusqu’ici, après la journée de carence, un agent percevait 50 % de son traitement brut dès le deuxième jour d’absence, sans condition d’ancienneté. Le texte en discussion propose d’introduire une référence au SMIC pour déterminer un plancher d’indemnisation, tout en harmonisant le système avec celui de l’assurance maladie du régime général.
Autre évolution majeure : la prise en compte des primes et indemnités. Le calcul ne s’arrête plus au seul traitement de base, mais englobe désormais l’ensemble des composantes régulières de la rémunération. Cette révision vise à gommer les écarts entre agents publics et salariés du privé. Du côté des syndicats, l’inquiétude pointe sur la situation des agents dont le salaire dépend largement des primes.
Un décret d’application précisera prochainement les modalités pour les contractuels, mais aussi pour ceux qui relèvent de statuts particuliers. Les services RH devront revoir leurs grilles de paie, intégrer ces changements et s’assurer de la conformité du traitement, sous l’œil vigilant des gestionnaires.
Conséquences concrètes sur la paie des agents publics
Dès le premier jour d’arrêt maladie, la journée de carence s’applique sans distinction. À chaque nouvel arrêt, l’agent doit faire une croix sur la rémunération du premier jour, quelle que soit la durée du congé prescrit. La règle concerne toutes les catégories : fonctionnaires d’État, territoriaux, hospitaliers, dès qu’il s’agit d’une maladie ordinaire.
Ce manque à gagner apparaît immédiatement sur la fiche de paie du mois concerné. Le montant prélevé correspond à une journée du salaire indiciaire brut, auquel s’ajoutent, le cas échéant, le supplément familial et les primes régulières. On ne parle donc pas d’une simple amputation du salaire de base, mais d’une retenue étendue à tous les éléments constitutifs du traitement journalier.
Exemple de perte de rémunération
Voici quelques exemples concrets pour mieux mesurer l’impact de la journée de carence :
- Pour un agent dont le traitement indiciaire atteint 2 100 euros brut par mois, une seule journée de carence équivaut à une perte d’environ 70 euros.
- Chez les agents dont le salaire s’appuie fortement sur les primes, la retenue grimpe. Certaines collectivités appliquent la carence à l’ensemble des accessoires de paie, ce qui fait grimper la facture.
Dans la fonction publique territoriale, la déduction varie selon les régimes indemnitaires locaux. Les règles ne sont pas uniformes : agents à temps partiel, pluriactifs dans différentes collectivités, chacun voit sa retenue calculée au plus près de sa situation. Résultat : le service de paie doit ventiler précisément la retenue pour chaque élément de rémunération, ce qui accroît la clarté mais alourdit la gestion administrative.
Ce que la réforme implique pour les salariés et le service public
Avec la réforme prévue dans la loi de finances pour 2025, la fonction publique change de visage. Pour les agents, la retenue d’une journée sur la paie lors d’un arrêt maladie ordinaire se traduit par une baisse nette et immédiate du revenu. Enseignants, agents hospitaliers, territoriaux : tous voient leur pouvoir d’achat affecté, surtout si les arrêts maladie se répètent sur l’année.
Pour le service public, l’objectif affiché est de freiner l’absentéisme. L’alignement avec le secteur privé se veut équitable, mais la comparaison ne tient pas toujours. Les contraintes propres au secteur public, la diversité des missions et la réalité du terrain rendent l’exercice délicat.
Côté gestion, la complexité s’accroît : calcul des retenues, adaptation des plannings, communication aux agents. Les syndicats, eux, s’inquiètent des effets à long terme sur la santé au travail et l’attractivité des métiers. Les arrêts pour maladie professionnelle ou accident de service restent à l’écart pour protéger les agents les plus exposés.
Au fond, la réforme interroge la capacité du service public à conjuguer rigueur budgétaire et engagement humain. Les bulletins de paie s’ajustent, mais l’équilibre entre responsabilisation et reconnaissance du travail reste fragile. L’année 2025 s’annonce comme un test grandeur nature : la fonction publique saura-t-elle relever le défi sans sacrifier le cœur de sa mission ?
